使用生物肥料需要一定的環(huán)境條件和培養(yǎng)措施，以保證微生物生長(zhǎng)繁殖所需的環(huán)境條件，使肥料發(fā)揮作用；

生物肥不宜單獨(dú)施用，須與化肥、有機(jī)肥配合施用。只有這樣，才能十足發(fā)揮生物肥的增產(chǎn)效益；

生產(chǎn)、運(yùn)輸、儲(chǔ)存、使用過(guò)程中注意滅菌條件。

由土壤中某些具有特定功能的細(xì)菌制成的菌肥具有改良土壤的作用、保護(hù)生態(tài)環(huán)境等生態(tài)效益，但長(zhǎng)期以來(lái)，由于一些菌肥效果不穩(wěn)定，菌數(shù)量少，無(wú)效有害雜菌多，細(xì)菌在土壤中的存活率低，導(dǎo)致菌肥在作物生產(chǎn)上效果不理想。