微生物肥料是俗稱的生物肥料。它通過產(chǎn)品中的功能微生物發(fā)揮作用。地表的巖石經(jīng)過物理風化、化學風化和生物風化，逐漸形成土壤。有機質和微生物進入其中后，土壤形成過程加快。微生物的生長和繁殖需要養(yǎng)分。以無機物為食物的微生物生長很慢，對土壤形成過程的影響也比較慢。以有機物為食物的微生物生長繁殖很快，可以迅速形成大量的菌體和代謝產(chǎn)物。有的還能在土壤風化過程中發(fā)揮作用，使土壤具有保水、保氣、保肥、保溫的功能。這些以有機物為食物的微生物，在用有機物的過程中，也講有機物分解成小分子。增加土壤肥力和保水、保氣、保肥、保溫的功能，大大提高了農(nóng)田的土壤質量。

施入土壤的微生物在分解土壤有機物的同時，還分泌一些代謝產(chǎn)物，如有機酸、多糖等。這些物質可以增加無機礦物質的溶解度，便于植物吸收。這些物質可以活化土壤中被固定的化肥中的磷和微量元素，供植物吸收，如鉀細菌、磷細菌等。具有固氮功能的微生物可以利用空氣中的氮氣合成空氣中農(nóng)作物所需的氨，供農(nóng)作物合成氨基酸、含氮生物活性物質

微生物肥料應用于農(nóng)田的作用是多方面的。由于微生物肥料的使用，微生物大量繁殖，影響和制約了病原微生物的繁殖。長期連續(xù)使用微生物肥料可以減少農(nóng)田病害。某些微生物中的某些細菌能分泌物質，控制病原微生物的生長，減少農(nóng)田病害，并能節(jié)約農(nóng)藥使用成本。

微生物是土壤中活躍的成分。它們主要依靠土壤有機質作為生存的糧食，它們這樣做是為了增加土壤肥力的工作。沒有微生物，只有有機物質被添加到土壤中，土壤肥力無法提高。